1、门诊就诊流程：凭本院病历本或学生证（工作证、离退休证、）挂号收费处建卡挂号→科室就诊→药房、功能检查科、治疗室等记账收费→就诊结束后根据个人需求在挂号收费处打印发票及办理退卡退费业务。
2、住院流程：凭入院通知书→住院部护办室→会计室缴住院押金→医疗保险管理办公室登记（参保职工）→住院治疗→出院结帐。
3、体检流程：收费处缴费→各科室分别体检→预防保健科做体检结论。
4、办理休（复）学流程：凭教务处休（复）学通知单→持二级以上医院的医疗证明原件及复印件到医防科审核办理；精神疾病需持有精神病院董毅主任的相关疾病证明。
5、办理病历流程：新生入校三个月（取得正式学籍）后由各学院到医院（本科生到翡翠湖校区医院医疗综合办公室、研究生到南校区医院办公室）统一领取病历本→由学院发至每位学生，学生按要求填写病历本封面→以班级为单位到领取病历本处盖章。
6、办理疾病证明流程：持疾病的相关材料到门诊相关科室→由医生开具疾病证明书→医防科审核盖章。
7、离校手续办理：持本人病历本和离校通知单到校医院办公室办理。若病历本不慎丢失，请出具所在学院证明。本科毕业生离校请以班级为单位统一办理。
8、计划生育服务手续办理：
凭结婚证和已孕证明到计生办领取表格→军区社居委办理相关手续→妇幼保健院办理孕妇保健证→工大医院妇科定期孕检→怀孕7月后经转诊到拟住院分娩的医院继续进行孕检→待出院后凭出生证、准生证等到计生办办理独生子女光荣证和独生子女费相关事宜。
9、产后报销：凭准生证、孕妇保健证、出生证、医院发票、出院小结等到计生办办理报销审核手续→医疗保险管理办公室办理有关报销凭证→校财务处报销。
10、特种病卡办理：凭合肥地区所在的三级甲等医院的疾病证明书和其它相关材料到医疗保险管理办公室领取表格→省劳动保障厅医保办办理相关手续。
11、年度报销指南：具体内容见年底年度报销通知（学校及医院网站均通知）。